...
Путешествуя по региону Синно, Сатоши и его друзья посещают прекрасный город Аламос, который славится уникальной достопримечательностью — двумя Башнями пространства и времени, построенными архитектором Годи. Башни необычны тем, что скрывают в себе механизм для исполнения оркестровой музыки. Однако друзьям не удаётся насладиться красотами старинных строений, потому что на город нападает зловещий покемон Даркрай!...
Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно? Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!...
Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его...
...
Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды. Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли....
Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен...
Сакаки, лидер команды «R», находит сбежавшего Мьюту в одном из отдалённых районов региона Джото и собирается вновь поймать его, похищая и используя в качестве приманки его подопечных, покемонов-клонов. В это время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино. Начинается битва за жизнь, во время которой Мьюту предстоит понять, есть ли у покемонов, созданных с помощью науки, предназначение в...